Chiến tranh tàn khốc kéo dài 60 năm, kinh tế bị ảnh hưởng tiêu cực. Tình hình nông nghiệp khá ảm đạm. Ruộng đất công xã ngày càng thu hẹp lại, các triều đình bị chiến tranh chi phối không quản lý tốt được đất đai, do đó một phần không nhỏ đất chuyển sang sở hữu tư nhân. Sự biến đổi trong quan hệ ruộng đất ở nông thôn phần nào tạo điều kiện cho nông nghiệp phát triển tự do hơn. Điều đó tạo ra tác động tích cực đối với nền kinh tế hàng hóa theo chiều hướng mở rộng[31].

So với nhà Hậu Lê, nhà Mạc có tư duy kinh tế cởi mở hơn, trên nhiều lĩnh vực kinh tế. Trong nông nghiệp, chế độ tư hữu ruộng đất thời Mạc có điều kiện phát triển tự do. Việc mua bán đất đai tư nhân rất phổ biến và triều đình không đề ra biện pháp hạn chế hay cấm đoán nào[32].

Cách đối xử với thợ thủ công của nhà Mạc khác nhiều với nhà Lê: nhà Mạc có sự tôn trọng họ và do đó họ có vị trí nhất định trong xã hội. Ngoại thương Bắc triều có những bước chuyển biến tích cực, các sản phẩm thủ công nghiệp đã vươn sang thị trường các quốc gia châu Á[33].

Vùng có điều kiện phát triển kinh tế tốt của Nam triều là Thuận Quảng, nơi đây trở thành cơ sở hậu cần quan trọng trong công cuộc trung hưng của nhà Lê[34].